Ramener des espèces éteintes à la vie peut sembler de la science-fiction, mais c’est une chose réelle – peut-être la plus importante à se produire au cours des 4,5 milliards d’années passées. Appelée « désextinction », la résurrection d’espèces perdues est l’une des nombreuses applications à révolutionner par la nouvelle technologie d’édition de gènes CRISPR-Cas9. CRISPR, qui signifie « répétitions palindromiques courtes et régulièrement espacées », a fait la une des journaux en octobre lorsque les chercheurs Jennifer Doudna et Emmanuelle Charpentier ont reçu le prix Nobel de chimie pour leur rôle dans le développement d’une nouvelle technique d’édition génétique. CRISPR reprend un processus naturellement présent dans les systèmes immunitaires bactériens qui permet désormais aux scientifiques de modifier avec une précision extraordinaire l’ADN de presque tous les organismes vivants.

La première extinction réussie a eu lieu bien avant l’avènement de CRISPR. Le bouquetin des Pyrénées (Capra pyrenaica pyrenaica), un type de chèvre de montagne sauvage communément appelé bucardo, était autrefois un spectacle courant dans les Pyrénées françaises et le nord de l’Espagne. À la fin du 19e siècle, la chasse avait réduit l’espèce à moins de 100 individus. Lorsque la dernière, une femelle connue sous le nom de Celia, est décédée en janvier 2000, le bouquetin des Pyrénées a rejoint les quelque 5 milliards d’espèces qui se sont éteintes depuis l’apparition de la vie sur cette planète. Mais dans ce cas, trois ans plus tard, le 30 juillet 2003, une équipe de scientifiques français et espagnols s’est réunie autour d’une chèvre domestique enceinte et a accouché par césarienne d’un enfant vivant génétiquement identique au bucardo éteint. Pendant les sept minutes suivantes (après quoi l’animal est mort d’une insuffisance respiratoire), le bouquetin des Pyrénées n’a plus disparu.

Le bucardo éteint a été ramené à la vie grâce à la technologie bien établie du clonage par transfert nucléaire. Cette technique, dans laquelle une cellule contenant le génome complet de l’espèce éteinte est insérée dans l’œuf d’un animal vivant, a été utilisée pour cloner Dolly le mouton en 1996. Mais maintenant, avec CRISPR, la désextinction ne nécessite pas de cellule vivante ou congelée de l’espèce éteinte. Au lieu de cela, tous les scientifiques ont besoin de restes organiques — tels que des morceaux d’os — qui contiennent des fragments d’ADN. Ces fragments permettent aux généticiens de découvrir le génome complet de l’animal éteint (un processus que les scientifiques appellent le « séquençage”). Une fois qu’ils ont cette « recette” pour l’espèce éteinte, CRISPR permet aux scientifiques d’éditer l’ADN de son plus proche parent vivant pour créer un génome qui, tel qu’édité, se rapproche du code génétique de l’espèce éteinte. Considérez l’ADN de l’animal vivant comme la version 2.0 d’un logiciel : l’objectif est de revenir à la version 1.0. Vous comparez tous les millions de lignes de code pour repérer les différences, puis modifiez minutieusement les lignes avec des différences pour restaurer le code à son état d’origine.

Une fois que l’ADN a été modifié pour réintroduire les traits clés de la plante ou de l’animal éteint, l’ADN modifié est inséré dans le noyau d’une cellule reproductrice. L’individu résultant peut ne pas être génétiquement identique à l’espèce éteinte, mais les traits clés qui ont rendu l’espèce éteinte unique sont réintroduits, et l’animal ou la plante résultant a le potentiel d’être l’équivalent fonctionnel de son parent éteint. Ainsi, par exemple, les scientifiques travaillant sur la désextinction du mammouth laineux (qui a parcouru la Terre pour la dernière fois il y a environ 4 000 ans) commencent par l’ADN d’un éléphant d’Asie, puis utilisent CRISPR pour réintroduire les traits qui ont rendu le mammouth laineux unique, tels que le métabolisme, la graisse sous-cutanée et le pelage hirsute qui lui ont permis de survivre dans la toundra subarctique.

Mais pourquoi faire cela? La plupart des partisans de la désextinction avancent un argument basé sur la restauration écologique. Par exemple, les grands herbivores comme le mammouth laineux ont joué un rôle essentiel — par le piétinement, le pâturage et la fertilisation — dans le maintien de la calotte herbeuse qui isolait le pergélisol de la grande toundra nordique. Lorsque ces grandes bêtes de pâturage ont disparu, la calotte herbeuse a diminué, ce qui a permis le dégel du pergélisol en contrebas et la libération conséquente de volumes massifs de gaz à effet de serre précédemment piégés, accélérant considérablement le réchauffement climatique. Pour inverser cet effet, des scientifiques russes dans une partie reculée de la Sibérie orientale travaillent sur un effort appelé « Parc du Pléistocène. »Leur vision est une steppe de mammouths restaurée – un endroit où le pergélisol sibérien est à nouveau isolé par des prairies sans arbres s’étendant à l’horizon dans toutes les directions, sur lesquelles de vastes troupeaux de chevaux sauvages, de bisons et de mammouths désextincts paissent en partenariat symbiotique avec la savane restaurée par temps froid.

Allons-nous utiliser notre pouvoir de manière égoïste, myope et imprudente, ou plutôt nous consacrer au déploiement des nouvelles technologies pour atténuer nos torts passés et rétablir une Terre saine?

Une autre extinction actuellement tentée à des fins de restauration écologique est celle du pigeon voyageur, autrefois l’espèce d’oiseau la plus abondante en Amérique du Nord, avec des milliards d’individus dès les années 1870. Toute la population a été abattue, mise au filet, chassée ou autrement abattue par les humains. En 1914, le dernier individu, Martha, est décédé dans un zoo de Cincinnati. Les conséquences de l’extinction rapide d’une espèce clé de voûte à cette échelle ne sont pas précisément comprises, mais nous en savons assez pour nous attendre à ce qu’elles soient étendues et profondes. Par exemple, la perte du pigeon voyageur a perturbé le cycle de régénération des forêts et entraîné une diminution importante de la santé des forêts. Il peut également avoir précipité la prolifération de la maladie de Lyme. Les partisans de la « re-wilding » tels que la Fondation Long Now de Stewart Brand soulignent également que toute désextinction améliore la biodiversité qui est la base d’écosystèmes sains.

L’une des autres justifications de la poursuite de la désextinction est une justification morale: la possession du pouvoir de ramener des espèces perdues implique un devoir moral d’utiliser ce pouvoir, du moins dans le cas des espèces dont l’extinction a été causée par des êtres humains. En d’autres termes, nous avons le devoir de réparer notre tort antérieur. Il est notoirement difficile d’estimer le nombre d’espèces dont la disparition peut être imputée principalement à l’intervention humaine. Mais tous les scientifiques s’accordent à dire que la cupidité, l’insouciance et la négligence de l’humanité ont considérablement accéléré le rythme naturel de l’extinction, nuisant à la fois à la planète et à nous-mêmes.

L’enthousiasme des partisans de de-extinction est presque égalé par le scepticisme de ses détracteurs. De nombreuses questions sont pratiques, telles que les doutes que l’homme puisse créer des populations en nombre suffisant et avec une diversité génétique suffisante pour être durables dans la nature; les préoccupations que les animaux désextincts ne soient ni génétiquement identiques aux espèces éteintes ni ne bénéficient des moteurs non génétiques (tels que l’éducation parentale) qui ont déterminé leurs comportements; et les arguments selon lesquels les plantes et les animaux créés à partir d’anciens génomes ne prospéreront pas dans les conditions contemporaines. Par exemple, le pigeon voyageur, s’il renaissait, ferait face à un monde dans lequel le châtaignier d’Amérique, qui fournissait une grande partie de son habitat et de sa nourriture, aurait disparu.

Les biologistes de la conservation sont divisés sur la question. Certains soutiennent que la croyance en la possibilité d’une extinction crée un aléa moral, ouvrant la porte à ceux qui bénéficient économiquement de la destruction de l’habitat pour faire valoir que même si une espèce est perdue, elle peut toujours être « ramenée ». »D’autres disent simplement qu’à l’ère actuelle d’extinction de masse causée par l’homme, la société devrait donner la priorité aux espèces menacées qui peuvent être sauvées plutôt que de rêver de redonner vie à celles qui ont été perdues. Ils soutiennent que CRISPR, au lieu d’être déployé pour la désextinction, devrait être utilisé pour augmenter la diversité génétique d’une population en voie de disparition survivante, augmentant ses chances de survie.

Une chose est certaine. Comme le don de feu à l’humanité par Prométhée, le chat est sorti du sac. Les efforts déployés par les gouvernements et les ONG pour limiter ou contrôler l’utilisation des technologies génétiques — telles que les lignes directrices de 2020 publiées par une commission internationale convoquée par l’Académie nationale de médecine des États—Unis, l’Académie nationale des Sciences des États-Unis et la Royal Society du Royaume-Uni – sont peu susceptibles de dissuader d’autres expériences impliquant l’édition du génome humain héréditaire. Ce que les scientifiques peuvent faire, au moins certains, quelque part, le feront.

Et pourquoi est-ce que je soutiens que le résultat peut être la chose la plus importante à se produire sur la planète pendant 4,5 milliards d’années? Depuis l’aube de la vie sur Terre, les espèces se sont développées par le processus de mutation génétique aléatoire suivi d’une sélection naturelle — par évolution. Mais à partir de ce moment, cela a changé. CRISPR-Cas9 nous donne la possibilité de pirater evolution. Plutôt que d’attendre que des mutations se produisent au hasard, nous pouvons modifier notre héritage génétique (ou celui des autres formes de vie). Cela signifie la substitution du désir et du choix humains au processus de sélection naturelle. Est-ce inévitablement le désastre que beaucoup prédisent?

L’humanité a une longue tradition d’interventions visant à améliorer, restaurer et gérer le monde naturel. Pratiquement aucune espèce agricole ou horticole n’a été affectée par l’hybridation, et la plupart de ces plantes modifiées sont maintenant des citoyens appréciés du monde naturel. Le blé, le pamplemousse et la menthe poivrée sont tous issus de la reproduction interspécifique (tout comme d’autres branches de l’arbre de vie, du bétail, du bison, des abeilles africaines et des abeilles domestiques). L’édition génétique est, sans aucun doute, un outil nouveau et différent, mais le résultat, les espèces créées par l’homme (plutôt que par l’opération de sélection naturelle), ne l’est pas.

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Ceux qui se méfient instinctivement de ce type d’interventions dans la nature ont tendance à considérer le monde naturel comme statique. Mais nous comprenons maintenant que la nature n’est pas une scène stable et passive sur laquelle se déroule la danse de la vie. Au lieu de cela, la relation entre un environnement et la vie qu’il héberge est hautement interactive. Les espèces s’adaptent à leur habitat et le modifient ensuite. Dès l’apparition de l’Homo sapiens au Paléolithique moyen, nous nous sommes insérés dans cette danse en transformant les habitats et les organismes qu’ils soutenaient. La croissance démographique et la technologie signifient que l’ampleur de notre impact est désormais mondiale. En concevant l’ère géologique actuelle comme l’Anthropocène, où l’activité humaine est l’influence dominante sur la planète, nous avons commencé à prendre conscience du fait que nous sommes maintenant le créateur et non plus simplement le créé. C’est une responsabilité qui ne peut être esquivée. Les cadres moraux et éthiques humains doivent rattraper notre technologie. Allons—nous utiliser notre pouvoir de manière égoïste, myope et imprudente – ou plutôt nous consacrer au déploiement des nouvelles technologies pour atténuer nos torts passés et rétablir une Terre saine?

Bien sûr, la prudence est toujours de mise. Mais trop souvent, la timidité et l’hostilité au progrès se dissimulent sous le couvert de la prudence. Si des outils comme CRISPR nous permettent de remplacer des espèces clés comme le mammouth laineux et le pigeon voyageur afin de maintenir les gaz à effet de serre dans la toundra ou de restaurer des écosystèmes sains, alors nous devrions les utiliser. Nous ne pouvons pas échapper au choix par l’inaction. Maintenant que nous disposons de la technologie de désextinction, le fait de ne pas l’utiliser pour guérir la planète est également un choix dont nous serons tenus responsables par les générations futures.

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